A história deste pequeno grande clube da cidade alemã de Hamburgo está intimamente ligado á própria história do mal afamado bairro de St. Pauli, situado nas velhas docas do rio Elba. Na sombra do gigante Hamburguer SV, o grande emblema da cidade, o clube da reeperbahn formou-se após a união de três outros clubes que existiam então: o MTV Hamburgo e o TV St. Pauli. Corria o ano de 1910.
Conta a lenda que o idealizaram un grupo de amigos boémios, clientes habituais dos bordéis do bairro e visitantes das tabernas frequentadas por prostitutas e marinheiros, que pelas concorridas docas procuravam passar o tempo que lhes sobrava entre uma viagem e outra. Juntos partilhavam também o seu entusiasmo pelo jogo da bola.
Porém, tal entusiasmo de nada serviu ao longo dos anos para o clube vir a ter algum sucesso: nada ganhou. Anos mais tarde, já na época de 98/99 o clube esteve mesmo ás portas da falência e o futuro parecia negro. Porém a caridade dos simpatizantes e o verdadeiro culto que adeptos lhe mereciam, salvou o clube de apuros maiores.
Mas, para entendermos a "grandeza" do St. Pauli, que hoje em dia se estende por toda a Alemanha, há que remontar aos anos 80. Nessa época, o clube foi influenciado pelas ideias políticas de esquerda liberal dos seus adeptos, que transferiam as suas convicções para o estádio e contagiavam as bancadas do Millerntor com um ambiente de festa e comunhão, regado a muita cerveja e schnaps (aguardente alemã). Criou-se então uma verdadeira "cena" e o modesto estádio tornou-se um lugar de moda, onde se celebravam as maiores festas e os mais concorridos concertos. Reunia-se uma verdadeira fauna urbana: punks, anarcas, comunistas, entre outros, partilhavam a sua adoração pelo pequeno St. Pauli.
O clube foi crescendo, e na época de 88/89 atingiu o escalão maior do futebol germânico, feito que apenas havia conseguido dez anos antes, numa curta presença saldada num penoso penúltimo lugar. Os anos seguintes foram um vaivém entre a Bundesliga e a segunda divisão. Em 98/99 chegou, como foi referido, o pior momento da sua história, em que uma crise financeira quase levou ao fim do clube. Não fosse a dedicação dos adeptos, que se uniram numa gigantesca campanha de apoio, largamente apoiada pelos bares da zona, (que passaram a doar ao clube 50 centimos por cada cerveja vendida - a famosa campanha Saufen fur St. Pauli - beber para o St. Pauli) e talvez o modesto mas amado St Pauli nunca tivesse sobrevivido.
Mais recentemente, o clube alcançou o feito inédito de alcançar as meias finais da taça da Alemanha, onde foi derrotado pelo todopoderoso Bayern de Munique. Conhecido é também o apoio dedicado pela banda de música metal Turbonegro, chegando mesmo a patrocinar uma das camisolas (!), ou a figura do presidente Corny Littman, um conhecido encenador teatral, dirigente do Schmidt Teather e famoso defensor dos direitos dos homosexuais da cidade. Como curiosidade fica o facto de a camisola "Jack Daniels", equipamento que levou o patrocíno da famosa marca de Whisky durante uma temporada, ter-se tornado um objecto de colecção para a maior parte dos adeptos e como tal ser hoje em dia uma raridade já dificil de encontrar e leiloada pelos preços mais disparatados.